水庫水質若因藻類增生而惡化，難道整座水庫的水就要報銷？
翡翠水庫管理局局長劉銘龍表示：「沒那麼嚴重」。供應國內重要民生用水的水庫取水口都在水面下 50~60 公尺深，和水中藻類生存水層通常有段安全距離。
環保署水保處處長許永興也說，環保署若測出水庫的藻毒升高，超過世界衛生組織的安全標準時，就會發出預警，並請水公司盡量不要抽取水庫表層、藻類密度較高的原水，改抽中層或底層的水。
劉銘龍舉例，翡翠水庫的原始設計，就是把取水口設在水庫中下層的位置，原本自來水之水源取用表水的石門水庫，也改成這種設計。
劉銘龍說，藻類的生長區通常在水面以下10公尺範圍內，再往深處，陽光就難以穿透，不利藻類行光合作用，藻類繁殖力也變差。因此，自來水淨水場的取水區通 常設在水庫的中下層，以確保民生供水不受藻毒影響；但枯水期的狀況就不一樣，因為枯水期水庫的水位低，若發生藻毒威脅，飲用水安全的危機就隨之升高。
預防水庫優養化導致藻類增生，有治標兼治本的方法。劉銘龍指出，一般程序會在集水區範圍內設置植生綠帶，作為第一道防線；透過植物吸取降雨沖刷集水區內的肥料，以及民生與畜牧汙水中的氮、磷等營養鹽，之後這些雨水才流進水庫，減少藻類的養分來源。
其次是做一些礫間過濾系統，把汙水滯留在礫石所組成的礫間過濾系統，透過礫石層表面附著的微生物，分解汙水中所含的氮、磷等營養鹽，達到自然代謝的除汙效果。
「源頭減量、總量管制才是治本之道。」劉銘龍表示，許多先進國家重視水庫集水區的管理，為了預防優養化，針對集水區內的農業活動加以管制，例如施肥、噴藥 者都必須取得專業證照，並領取許可證。一旦水庫水質有變化，就能追溯上游的施肥、噴藥行為是否過當，據此管理，遏止農業汙染。他呼籲國內相關部會也應重視 這項課題。
在工程方面，採取提高汙水下水道普及率為主要手段，截流民生及畜牧廢水到汙水廠處理後再放流。劉銘龍強調，水庫一旦發生優養化，水質就很難改善回去；例如大陸的太湖、滇池等區優養化個案，不但整治困難，也得投入龐大的資源和時間進行後續處理。
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